Fala Xará,
EXCELENTE ponto! Sim, um core com HT oferece 2 possibilidades de alocação da vCPU!
O problema é que uma VM, com 2 vCPUs alocadas em um mesmo core pode ser muito ruim. (tanto que existe uma opção de você bloquer totalmente este tipo de alocação.
Por isso o vSphere vai alocar em todos os cores físicos antes de alocar 2 vCPUs em um mesmo core...