Запустить внутри виртуалки sdelete.exe чтоб обнулить пустое пространство (если это винда)
или dd bs=1024k if=/dev/zero of=/fuflo ; rm /fuflo (если это linux)
Затем сделать две миграции диска (storage-vmotion или по холодному)
1. из тонкого диска в thick eager zero
2. из thick eager zero - в тонкий.
если виртуалка выключена, первую миграцию можно не делать, а превратить диск в thick eager zero на месте с помощью Datastore Browse -- Inflate
При перегоне диска из thick eager в тонкий обнуленные блоки изымаются гарантированно и танцы с бубном по использованию разноблочных VMFS и/или отключению оптимизирующих датамуверов не требуются.